鸡基因组调控图谱ChickenGTEx平台上线

2025-10-31 21:31:47

中国畜牧兽医报

  近期,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所(智能计算平台)联合中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)、美国加利福尼亚大学戴维斯分校、丹麦奥胡斯大学、中国农业大学等完成的鸡遗传变异-分子表型-表型关联信息知识平台ChickenGTEx(http://chicken.farmgtex.org)正式发布。

  该平台涵盖鸡跨组织、跨性别等多维度遗传变异调控图谱,包含了遗传变异、泛转录本分子表型及表型间的调控关系及调控效应,为鸡重要经济性状遗传机制解析、精准育种及人工智能表型预测提供了重要数据信息资源平台,服务农业科技基础研究和育种创新攻关。相关内容发表在《核酸研究(Nucleic Acids Research)》期刊。

  聚焦畜禽重要经济性状机制解析缺乏足够的精度和深度及可利用资源短缺这一难题,ChickenGTEx平台汇聚了:1)全球123个品种2869只鸡的全基因组遗传变异;2)28个组织鉴定的5种分子表型(基因表达、可变剪接、可变多聚腺苷酸化(APA)等);3)257个表观基因组图谱及基于此预测的染色质状态和调控元件;4)9个组织191个细胞类型的单细胞基因表达谱;5)百万级关联分子表型的遗传变异与调控效应;6)不同性别、组织、细胞类型的特异性调控效应;7)96386个关联鸡108个重要表型的遗传变异及潜在分子机制。

  侯娅丽